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iPhone OS バージョン 3.1
2009年9月9日配布開始。iPhoneからのアップデートは無料だが、iPod Touchからのアップデートは600円に値下げされた。変更点は、
Geniusのお勧め機能でアプリケーションをサポート
iTunes 9をサポート
App StoreでiTunesギフトカード、コードを使用可能
App StoreおよびiTunes Store で利用可能な iTunesアカウントクレジットを表示
iTunes Storeからワイヤレスで着信音をブラウズおよびダウンロード
メールおよびMMSのビデオをカメラロールに保存
iPhone 3GSでビデオをトリミングする際に"新規クリップとして保存"オプションを追加
iPhone 3GでBluetoothオン時のWi-Fiパフォーマンスを向上
iPhoneをMobileMe経由でリモートでパスコードロック可能
iPhone 3GSでBluetoothヘッドセットを使用した音声コントロールが可能
キーパッドへの電話番号のペースト
iPhone 3GSでアクセシビリティ機能をオンにする際にホームボタンを使うオプションを追加
Safariで詐欺サイトにアクセス時に警告（フィッシング対策）
Exchangeカレンダーの同期と招待の処理を向上
一部のアプリケーションアイコンが正しく表示されない原因となる問題を解決
ARアプリケーション対応
セキュリティアップデートなど。